方案一：乘331路、810路、484路、323快北医三院下车。
方案二：乘375路、398路、748路、743路、386路、944路、836路、运通103、392路、438路、478路、490路、498路、604路、632路、719路北航站下车往东300米。

从北京站、北京西站、首都机场到三院的具体路线：

A 从 北京站 到 北医三院


第 1 种:换乘 1 次

先换乘 808(石佛营-北宫门) 在 北京站 站上车，在 平安里 站下车；最后换乘 810(双龙超市-建材城东里) 在 平安里 站上车，在 北医三院 站下车。

第 2 种:换乘 1 次
先换乘 103(北京站-动物园) 在 北京站 站上车，在 美术馆 站下车；最后换乘 810(双龙超市-建材城东里) 在 美术馆 站上车，在 北医三院 站下车。

第 3 种:换乘 1 次
先换乘 713(双龙超市-东小口村委会) 在 北京站 站上车，在 演乐胡同 站下车；最后换乘 810(双龙超市-建材城东里) 在 朝内小街 站上车，在 北医三院 站下车。

第 4 种:换乘 1 次
先换乘 24(北京站-左家庄) 在 北京站 站上车，在 演乐胡同 站下车；最后换乘 810(双龙超市-建材城东里) 在 朝内小街 站上车，在 北医三院 站下车。

第 5 种:换乘 1 次
先换乘 420(北京站-望京北路东口) 在 北京站 站上车，在 美术馆 站下车；最后换乘 810(双龙超市-建材城东里) 在 美术馆 站上车，在 北医三院 站下车。

第 6 种:换乘 1 次
先换乘 特2(丽泽桥-大屯西站) 在 北京站 站上车，在 雅宝路 站下车；最后换乘 810(双龙超市-建材城东里) 在 雅宝路 站上车，在 北医三院 站下车

B 从 北京西站 到 北医三院


第 1 种:换乘 1 次
　　先换乘 387(北京西站-东小区) 在 北京西站 站上车，在 索家坟 站下车；最后换乘 331(新街口豁口-香山) 在 索家坟 站上车，在 北医三院 站下车。

第 2 种:换乘 1 次
　　先换乘 827(北京西站-善各庄) 在 北京西站 站上车，在 人民大学 站下车；最后换乘 323快(七里庄-塔院小区) 在 人民大学 站上车，在 北医三院 站下车。

第 3 种:换乘 1 次
　　先换乘 845(靛厂新村-十三陵水库) 在 北京西站 站上车，在 牡丹园 站下车；最后换乘 810(双龙超市-建材城东里) 在 牡丹园 站上车，在 北医三院 站下车。

第 4 种:换乘 1 次
　　先换乘 845快(靛厂新村-十三陵水库) 在 北京西站 站上车，在 牡丹园 站下车；最后换乘 810(双龙超市-建材城东里) 在 牡丹园 站上车，在 北医三院 站下车。

第 5 种:换乘 1 次
　　先换乘 21(北京西站-中国科技馆) 在 北京西站 站上车，在 蓟门桥 站下车；最后换乘 323快(七里庄-塔院小区) 在 蓟门桥 站上车，在 北医三院 站下车。

第 6 种:换乘 1 次
　　先换乘 845(靛厂新村-十三陵水库) 在 北京西站 站上车，在 明光村 站下车；最后换乘 331(新街口豁口-香山) 在 小西门（海淀） 站上车，在 北医三院 站下车。

C 从 首都机场 到 北医三院
乘机场巴士到北太平庄，然后乘以下公交北医三院

第 1 种:换乘 810(双龙超市-建材城东里) 在 北太平庄 站上车，在 北医三院 站下车。

第 2 种:换乘 331(新街口豁口-香山) 在 北太平庄 站上车，在 北医三院 站下车。